Nebenwirkungen wie die von chemischen oder pflanzlichen Präparaten der Schulmedizin und naturheilkundlichen Verfahren gibt es nicht. Allerdings kommt es meist nach Einnahme eines Arzneimittels zu einer „Erstverschlechterung“ der Symptome, die von allein vorübergeht.

Bei unsachgemäßer Anwendung homöopathischer Medikamente können Prüfungssymptome auftreten, deren Dauer abhängig ist von der Intensität, der Häufigkeit der Wiederholung des Mittels und anderen Faktoren.